Los tres meses anteriores a su detención fueron muy tensos para él. Cuando los comunistas llegaron al poder le dijeron que su nombramiento como arzobispo coadjutor era fruto de un complot entre el Vaticano y los "imperialistas" para organizar la lucha contra el régimen. El 15 de agosto de 1975 es llamado al palacio presidencial para ser arrestado. Narra cómo vivió esos momentos: "Esa noche, durante el trayecto de 450 Kms. que me lleva al lugar de mi residencia obligatoria, me vienen a la mente muchos pensamientos confusos: tristeza, abandono, cansancio, después de tres meses de tensiones...". De nuevo lo llevan a Nhatrang, a un "campo de reeducación". Su estancia allí lo describe como "el cautiverio más duro".
Van Thuan es una persona muy activa, dinámica. Día y noche se sentía obsesionado por un pensamiento: "¡Pueblo mío que tanto amo; rebaño sin pastor! ¿Cómo puedo entrar en contacto con mi pueblo, precisamente en el momento en el que tienen más necesidad de su pastor?". Las librerías católicas habían sido confiscadas; las escuelas, cerradas; las religiosas y los religiosos que enseñaban, enviados a trabajar en los arrozales. " La separación es un shock que me parte el corazón". Decide "Vivir el momento presente colmándolo de amor", busca cómo ponerse en contacto con su pueblo. Una noche se acuerda de San Pablo cuando éste estuvo en prisión, decide entonces, escribir cartas al pueblo. A la mañana siguiente, en octubre de 1975, le hace una señal a un niño "Dile a tu madre que me compre blocs viejos de calendarios". Por la noche el niño le trae los calendarios, " escribí a mi pueblo mi mensaje desde la cautividad". De esta forma escribe su primer libro El camino de la esperanza, tarda mes y medio, de noche, pues tenía miedo de no poder terminarlo si lo trasladaban a otro lugar. A partir de ahí empezó a escribir a sus feligreses. Su segundo libro El camino de la esperanza a la luz de la Palabra de Dios y del Concilio Vaticano II lo escribe sobre 1979 en su "residencia obligatoria" de Giang-xâ, en Vietnam del norte, "siempre de noche y en secreto". El tercer libro Peregrinos por el camino de la esperanza, fue escrito en 1980, descrito por el mismo como " la palabra del pastor que sigue encarcelado pero que, a lo largo de días de inacción y de noches de insomnio, no ha cesado de velar por el pueblo que el Señor le había confiado".
La Virgen María tiene un papel esencial en su vida. "Fui arrestado el 15 de agosto de 1975, fiesta de la Asunción de María. Salí en el coche de la policía, con las manos vacías sin un céntimo en el bolsillo, sólo con el rosario, y estaba en paz. Esa noche,... recité muchas veces el Acuérdate, ¡oh! piadosísima Virgen María." Escribe: "¡Hay días en que, al límite del cansancio, de la enfermedad, no puedo ni recitar una oración!", entonces recita el Ave María, lo repetía cientos de veces. La Virgen para él es su compañera durante su estancia en la cárcel. Al no poder llevar consigo la Biblia a la cárcel, recogía todos los pedacitos de papel que encontraba, para hacerse una pequeña agenda, " y en ella escribí más de 300 frases del evangelio" Cuenta que al ser arrestado salió con las manos vacías y que al día siguiente, le permitieron escribir y pedir las cosas más necesarias como ropa, pasta de dientes, etc. entonces él para poder celebrar la eucaristía escribió pidiendo que le mandaran un poco de vino "como medicina contra el dolor de estómago". Las hostias las ocultaron en una antorcha que se usa para combatir la humedad. Todos los días celebraba la misa con tres gotas de vino y una gota de agua en la palma de la mano. En la prisión del norte, por la noche, después de apagar las luces, se encogía en la cama para celebrar la misa de memoria, repartía la comunión entre sus compañeros católicos pasando la mano bajo el mosquitero, fabricaron bolsitas con el papel de los paquetes de cigarrillos para conservar el Santísimo Sacramento, "llevaba siempre a Jesús eucarístico en el bolsillo de la camisa". Sin embargo, durante el periodo de su aislamiento celebraba la misa todos los días, hacia las tres de la tarde, "la hora en que Jesús estaba agonizando en la cruz". Estaba prohibido tener cualquier signo religioso, un día en la prisión de Viñh Quang, se le ocurrió pedir a un guardia cortar un trozo de madera en forma de cruz, éste se fue y le dejó solo para que pudiera hacerlo sin que lo viera. Lo tuvo escondido hasta su liberación.
En cuanto al trato con sus guardianes al principio no existe, no le hablan, responden sólo "si" o "no", es imposible ser amables con ellos, evitan hablar con él. Una noche le surge un pensamiento: "Francisco, tu todavía eres muy rico, tú tienes el amor de Cristo en tu corazón. Ámalos como Jesús te ama". Empieza por sonreírles, intercambiar palabras amables, contarles historias de sus viajes al extranjero, de cómo viven en esos países: Estados Unidos, Canadá, Japón, Filipinas, Singapur, Francia,...; les habla de economía, libertad, tecnología, etc. Esto les estimula la curiosidad y se van animando a preguntarle cosas, poco a poco, se van haciendo amigos, les llega a enseñar lenguas como el francés y el ingles "¡mis guardianes se convierten en mis alumnos!" Mejora mucho las relaciones con ellos, el ambiente de la prisión: "Cuando me someten a aislamiento, primero me asignan un grupo de cinco guardias; dos de ellos están siempre conmigo. Cambian a los jefes cada dos semanas a otro grupo para que yo no los "contamine". Después deciden no cambiarlos más o si no "¡todos quedarán contaminados!" Les habla también de temas religiosos. Llega a proponerles escribir un pequeño vocabulario del lenguaje religioso: "Espero que así puedan comprender mejor la estructura, la historia, el desarrollo de la Iglesia, sus actividades,...". Los guardias aprendían latín para poder comprender los documentos eclesiásticos que se encontraban escritos en latín y un día un guardia le pidió que le enseñara algún canto en latín. "No puedo decir lo conmovedor que era oír cada mañana a un policía comunista bajar las escaleras de madera, hacía las 7, para ir a hacer gimnasia y después lavarse cantando el Veni Creator en la prisión. Esto le ayudaba a Francisco a rezar cuando se sentía tan débil y deprimido que no podía orar. De todos modos, no le permitían cantar en alto en latín porque eso daría a entender a otros que en aquella celda había un sacerdote.
Quiere transmitir un mensaje de amor en la serenidad y en la verdad, en el perdón y la reconciliación: "Sólo el amor cristiano puede cambiar los corazones, no las armas, las amenazas ni los medios de comunicación".
Fue liberado el 21 de noviembre de 1988. Actualmente, es presidente del Consejo Pontificio de la Justicia y de la Paz, y nombrado cardenal por Juan Pablo II.
